Mousavi enggan bertanding Pilihan raya Presiden Iran 1997. Pemimpin ulama Mohammad Khatami telah dipilih sebagai presiden.Semasa pentadbiran Khatami, Mousavi dilantik Penasihat Kanan Presiden.

Mousavi dianggap sebagai calon utama perikatan reformis dalam Pilihan raya Presiden Iran 2005. Bagaimanapun, pada 12 Oktober 2004 Mousavi secara rasmi menolak menjadi calon.Calon lain ialah Mehdi Karroubi dan Mohammad Mousavi-Khoiniha.